Three Sisters slaat op een landbouwtechniek die nog steeds gebruikt wordt, waarbij pompoenen, mais en bonen dicht bijelkaar geplant worden. De bonen kunnen in de mais klimmen, de bonen bringen stikstof uit de lucht in de grond en de pompoen zorgt voor een natuurlijke laag op de grond om onkruid en ongedierte tegen te houden.

Tijdens het spel heeft iedereen een eigen speelveld met verschillende gebieden, zoals de tuin, de bijenkorf en de schuur. Alle gewassen, fruit, bloemen en bijenkorven worden voorgesteld door sporen waar je vakjes afkruist als je de spullen krijgt. Veel van de sporen geven je bonussen op andere delen van het spel.

Een gemeenschappelijke eigenschap op de sporen zijn de cirkels die een oogst aangeven, waarbij je goederen krijgt. Krijg je genoeg goederen, dan speel je bonus acties vrij. Vooruitgaan op alle sporen geeft je verschillende voordelen. Na acht ronden krijg je punten voor je geoogste gewassen, bijenkorven, fruit en sommige voorwerpen in de schuur. Degene met de meeste punten is de winnaar.

Three Sisters heeft een solo variant waarin je probeert beter te scoren dan een AI-tegenstander.