In Santa Maria breid je jouw kolonie uit door gebouwen op te richten op je koloniebord. Dobbelstenen (deze stellen werkers voor) worden gebruikt om gebouwen te activeren. Elke dobbelsteen activeert een volledige kolom of rij van gebouwen op je koloniebord. De gebouwen worden in volgorde afgewerkt en dan blijft de dobbelsteen op het laatste gebouw liggen om het te blokkeren. De plaatsing van nieuwe gebouwen is daarom cruciaal in je strategie.

Doorheen het spel produceer je grondstoffen, leg je scheepsroutes vast, stuur je conquistadors op pad en rekruteer je monniken om je religieuze invloed te versterken.

De speler die op het einde van het spel (dat is na 3 ronden) het meeste gelukspunten heeft gescoord, wint het spel. Elk spel liggen er andere tegels, waardoor de manier waarop je punten scoort van spel tot spel kan variëren.

Santa Maria bevat ook een solo variant.